近日，上海交通大学医学院分子医学研究院杨朝勇团队和附属仁济医院泌尿科郑军华团队在Nature Biotechnology(影响因子46.9)发表研究成果。该研究开发了一种高灵敏、高分辨的空间转录组学测序新技术Decoder-seq，并运用该技术探究了早期肾细胞癌(RCC)两种亚型肿瘤微环境的空间异质性，进一步解析了肿瘤细胞的早期空间侵袭模式。

                                                                                                                                               图片来源于网络，侵删

　　肿瘤微环境是一个高度结构化的生态系统，成分复杂，且与肿瘤的生长、扩散、治疗应答等密切相关。因此，解析肿瘤微环境有助于揭示微环境中各类细胞的组成、空间分布及肿瘤细胞与其他细胞的复杂相互作用，对肿瘤发生、发展、耐药等机制研究具有重要意义。近年，新兴的基于空间条形码阵列的空间转录组测序技术能对组织切片进行原位空间编码，提供无偏好、高通量的全转录组分析，为肿瘤微环境解析提供了有力工具。然而，现有技术存在成本高、灵敏度低、分辨率差等瓶颈。

　　为解决这些难题，研究团队开发了一种空间转录组学新技术Decoder-seq，利用微流控辅助的正交编码策略，在3D纳米基底上生成了高密度空间条形码的阵列，实现了低成本、高灵敏、高分辨的空间转录组学研究。

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