JCP:基于CRISPR-Cas9的选择性指数扩增检测晚期胰腺癌患者血浆中KRAS突变的性能评估
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研究结果表明,PASEA检测的血液ctDNA状态(阳性或阴性)与RECIST标准下的PD或PR判断结果具有高度一致性。
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主要发现
Journal of Clinical Pathology期刊发表了一篇文章,研究在晚期胰腺导管腺癌(Pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC)患者中,利用选择性指数扩增方法(PASEA)检测血浆ctDNA中KRAS基因的突变情况。该研究的临床评估结果显示,PASEA在化疗前和化疗后的患者中,检出率分别为91.43%和44.83%。对于化疗前已发生肝转移的患者,检测灵敏度可达95.24%。该方法为PDAC患者的基因检测提供了一种可靠、经济、微创的新选择。
背景介绍
PDAC是一种恶性肿瘤,5年生存率仅为11%。由于超过90%的胰腺癌患者存在致癌KRAS突变,因此KRAS癌蛋白是PDAC的主要分子靶点。检测KRAS基因突变的方法分为组织活检和液体活检两种。组织活检无法触及深部肿瘤,例如胰腺癌;而液体活检技术的进步,使我们可以从血液中分析循环肿瘤DNA(ctDNA),进而对肿瘤基因进行分型。
目前,ctDNA的检测主要依赖下一代测序技术(NGS)和微滴式数字PCR技术(ddPCR)。虽然NGS和ddPCR具有高灵敏度和高特异性,但是其高成本和较长的周转时间阻碍了其广泛的临床应用。
主要研究
该研究团队最近开发了一种高度敏感的选择性指数扩增(PASEA)方法,用于检测稀有等位基因突变。相关方法的研究结果前期已发表在Clinical Chemistry, 2021, 67(11):1569-1571和Chinese Chemical Letter, 2022, 33(08):4126-4132中。先前的研究中,该团队对100余例癌症患者的组织标本进行了PASEA检测,结果显示PASEA的灵敏度、特异性、阳性预测值和阴性预测值均为100%,与NGS和ARMS-PCR结果一致。
此外,研究人员还使用连续稀释的cfDNA标准品对PASEA的检出限和重复性进行了评估。结果表明,PASEA具有较短的富集时间(20min)和较低的检出限(MAF为0.01%)。
该研究对115名晚期PDAC患者的组织样本进行了KRAS突变分析。结果显示,93名患者(占总样本数的80.87%)为KRAS突变型,而22名患者(占总样本数的19.13%)为KRAS野生型。随后,研究小组使用PASEA方法对这115例患者的血浆样本进行检测,发现KRAS突变型患者中有62.37%(58/93)为ctDNA阳性,而所有22名KRAS野生型患者均为ctDNA阴性。
研究人员进一步探讨了化疗、转移部位和根治性手术对ctDNA检出率的影响。结果表明,在未接受化疗的患者中,ctDNA的检出率较高 (91.43%,32/35);肝转移患者的ctDNA检出率(~78%,43/55)和骨转移患者的ctDNA检出率(100%,4/4)也较高;未进行根治性手术的患者的ctDNA检出率(71%,49/69)较高;未接受化疗且肝转移的患者,ctDNA的检出率可达 ~95%(20/21)。
为了评估PASEA技术在监测PDAC治疗效果和预测疾病进展方面的潜力,研究小组进行了随访监测,共纳入12例患者。研究结果表明,PASEA检测的血液ctDNA状态(阳性或阴性)与RECIST标准下的PD或PR判断结果具有高度一致性。在PDAC筛查和化疗疗效监测中,血清CA19-9仍是最常用的生物标志物。因此,研究小组将其与检测KRAS ctDNA的PASEA技术进行了比较。结果显示,PASEA技术所得到的ctDNA数据在监测PDAC患者化疗疗效方面具有更高的准确性和时效性。
总结
为了评估PASEA技术在监测PDAC治疗效果和预测疾病进展方面的潜力,研究小组进行了随访监测,共纳入12例患者。研究结果表明,PASEA检测的血液ctDNA状态(阳性或阴性)与RECIST标准下的PD或PR判断结果具有高度一致性。在PDAC筛查和化疗疗效监测中,血清CA19-9仍是最常用的生物标志物。因此,研究小组将其与检测KRAS ctDNA的PASEA技术进行了比较。结果显示,PASEA技术所得到的ctDNA数据在监测PDAC患者化疗疗效方面具有更高的准确性和时效性。
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